Tadžikistani jõed on täisvoolulised ja kuuluvad peamiselt Araali mere vesikonda. Ja vaid üksikud voolavad Karakuli järve või Tarima jõe vetesse.
Amu Darja jõgi
Amu Darja kanal läbib korraga nelja riigi territooriumi - Afganistan, Tadžikistan, Usbekistan ja Türkmenistan. Kanali kogupikkus on 2400 kilomeetrit. Neist 1415 kilomeetrit läbib riiki. Amu Darja allika moodustab kahe jõe - Vakhsh ja Pyanj - ühinemine. Jõe suudmeks on Araali mere veed (ühinemiskohas moodustab see suure delta).
Jõe lähedal on vähe lisajõgesid. Keskmiselt võtab Amu Darja vastu Kafirnigani, Surkhandarja ja Šerebadi veed ning ühe vasaku lisajõe - Kunduzi jõe. Ja edasi, kuni liitumiskohani pole enam lisajõgesid. Jõe vett kasutatakse aktiivselt ja seetõttu ei jõua Amu Darja Araali mereni. Just see sai üheks selle kuivamise põhjuseks.
Amu Darja vetes leidub üsna palju erinevaid kalaliike: asp; kiilas mees; araali säga; latikas; sabrefish; hõbedane karpkala; Valge amuur; vihkama.
Vanj jõgi
Üks jõgedest, mille kanal asub eranditult Tadžikistani territooriumil. See on Pyanji jõe parem lisajõgi. Jõe kogupikkus on 103 kilomeetrit. Allika moodustab kahe jõe ühinemine - üks laskub Vanchi harja liustikest, teine Teaduste Akadeemia harjast (läänenõlv). Kanal kulgeb Vanchi ja Darvazi harjade vahel.
Kashkadarya jõgi
Territoriaalselt läbib jõesäng Tadžikistani (Sugdhi piirkond) ja Usbekistani (Kashkadarya piirkond) maid. Tavapäraselt on jõel kolm nime: ülemjooksul - Obikhunda; keskmine kursus - Shinachasai; madalam - Maimanakadarya.
Kanali kogupikkus on 378 kilomeetrit. Jõe allikas asub 2960 meetri kõrgusel merepinnast ja selle moodustavad kaks nimetut jõge. Peamised lisajõed: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu jõgi
Kanali kogupikkus on 88 kilomeetrit. Muksu asub Tadžikistani Jirgatali piirkonnas. Allikas on kahe jõe ühinemiskoht: Seldara ja Sauksoy (Fedchenko ja Bolshoi Saukdari liustikud).
Kuzylsu jõgi
Kyzylsu, mis tähendab "punast jõge", voolab läbi Kõrgõzstani ja Tadžikistani territooriumi. Allikas on Trans-Alai aheliku nõlvad. Kanali kogupikkus on 235 kilomeetrit. Muksu jõega liitumisel tekitab see Vakhsh jõe.
Vakhsh jõgi
Jõekanali kogupikkus on 786 kilomeetrit ja kõik läbivad Tadžikistani territooriumi. Jõe allikas on Pamiri nõlvadel, kuid selle ühinemiskoht Pyanji jõevetega tekitab suure Amu Darja. Jõgi on niisutamise ja elektritootmise peamine allikas.
