Ufa ajalugu ulatub viiendasse sajandisse. Arvatavasti asus tollal kaasaegse Ufa territooriumil keskaegne asula. Kuldhordi suurimate linnade hulgas oli neljateistkümnenda sajandi silmapaistev araabia autor Ibn Khaldun, keda kutsuti Baškordi linnaks (Bashgird). Nüüd, tehes iidsete kaartide ja tähistuste võrdleva analüüsi, jõuavad ajaloolased järeldusele, et just eespool nimetatud vana linna kohas on Ufa puistud.
Ametlik linna staatus
Kuueteistkümnendal sajandil asus praeguse Ufa territooriumil Nogai horde kuberneri Tura Khani talvine peakorter. Pärast osa Baškortostani sisenemist Moskva kuningriiki (1557) pöördusid kohalikud elanikud Ivan IV poole ettepanekuga ehitada nende maadele linn.
Kuueteistkümnendal sajandil (1574) ehitati Sutoloka jõe lähedale kindlus ehk linnus ja seda kohta hakati nimetama Ufa linnaosaks ning selle keskuseks sai Ufa. Ufa vangla ehitati Ivan Nagy juhtimisel. Hiljem pealinnast saadetud Mihhail Nagoy oli rajooni esimene vojevood, ta juhtis Ufa ametnikuonni (tema alluvuses oli kakssada vibulaskjat).
Pärast linnamüüride ehitamist sai linnus nime Kreml. Täiendava kaitsena ehitati selle ümber tara tihedalt üksteise kõrvale aetud palkidest ning konstruktsiooni kahele vastasküljele, põhja- ja lõunaossa, püstitati tammepuidust torn.
Kaheksateistkümnendal sajandil mõjutas linna talurahvasõda, ülestõus suruti maha. Pärast seda ühines Ufa Kaasani provintsiga, veidi hiljem - Orenburgi provintsiga. 19. sajandi alguses tegelesid kohalikud omavalitsused linnaplaneerimisega. Arhitekt V. Geste joonistas linna laiendatud tänavate plaani. Bolšaja Kazanskaja tänav toodi tulevasele Gostiny Dvorile ja Verkhne-Torgovaya väljakule.
Kahekümnes sajand
Juulis 1922 kaotati ülevenemaalise kesktäitevkomitee otsusega Ufa provints. Eelmise sajandi 20-30ndatel hakkas linn kiiresti arenema. Tööstuse kogutoodang on kasvanud 16 korda. Suure Isamaasõja ajal evakueeriti Ufasse mitukümmend tööstusettevõtet. Siit evakueeriti ka mitu uurimisinstituuti.
Seoses õlitootmise suurenemisega pärast sõda ehitati Ufasse suured naftatöötlemistehased, arenesid aktiivselt masinaehitus ja keemiatööstus.
