Madagaskari jõgedes voolab kärestik. Kõik saare suuremad jõed voolavad idast läände.
Betsibuka jõgi
Jõesäng asub saare loodeosas. Voolu kogupikkus on 525 kilomeetrit. Ja see on üks suurimaid saarejõgesid. Betsibukat iseloomustab selle vee punakaspruun värv. Selle nähtuse seletus on väga lihtne - jõe veed sisaldavad suures koguses setteid, mida jõgi merre kannab.
Jõeallikas asub saare keskel (Antananarivo provintsist põhja pool). Jõgi pärineb kahe jõe - Amparihibe ja Dzabu - ühinemiskohast. Pärast seda asub Betsibuka teele põhja poole, võttes Ikupa jõe vetes (Maevatanana linna lähedal). Betsibuca suubub Bumbetuca lahe (Mosambiigi väin) vetesse, moodustades kukkudes delta. Jõesäng on laevatatav 130 kilomeetrit ühinemiskohast ülespoole.
Jõe vee punakaspruun varjund on märk ökoloogilisest katastroofist. Saare pinna raadamine on kiirendanud pinnase erosiooni. Selle tulemusena on veega uhutud maa kogumaht uskumatult suur. Ja kuna need on enamasti punased hilisemad mullad, siis ka vee varjund.
Jõed oma vetes kannavad setteid settivad Betsibuki suudmeala põhja. Ja see on üks põhjus, miks Bumbetuka lahe põhi mudastub. Sel põhjusel koliti siin asuv Mahajanga linna sadam saare välisrannikule, kuna ähvardas ookeanilaevad madalikule lasta.
Mangoki jõgi
Jõgi voolab läbi saare edelaosa maid. Mangoki voolu kogupikkus on 564 kilomeetrit. Ja see on Madagaskari pikim jõgi.
Allikas asub Fianarantsoa provintsis (Keskharja nõlvad). Seejärel voolab jõgi läände, läbides Tuliara provintsi maid. Ühinemiskoht on Mosambiigi väina veed (Morombe linna lähedal). Kui see sisse voolab, moodustab see suure delta.
Mangoki kanal läbib rasket maastikku. Delta lõunaosa on rikas tõkkepuu saarte, madalike ja loopealsetega. Delta põhjaosas on palju soid ja mangroove.
Maninguri jõgi
Maninguri jõgi asub Madagaskari idaosas ja selle kogupikkus on 260 kilomeetrit. Jõe allikas on Alautra järves. Vesikonna kogupindala on 12 645 ruutkilomeetrit. Jõge iseloomustab turbulentne vool. Ühinemiskoht on India ookeani veed (Ampasina linna lähedal).