Vologda asub samanimelise jõe paremal kaldal, mis on iidne veetee, mis ühendas selle linna läbi Sukhona ja Šeksna jõgede nõgude Arhangelskiga.
Esimest korda ajaloolistes allikates mainiti linna XII sajandil. 15. sajandil valitses Vologdat Veliki Novgorod. Alates 1462. aastast oli kakskümmend aastat Vologda apanaažide vürstiriigi keskus, kuid alates 1481. aastast kuulus see Moskva vürstiriigi võimu alla, mille valitsejaks oli siis Ivan III.
Aastal 1565 otsustas Ivan Julm rajada oma teise oprichnina residentsi Vologdasse. Ta tahtis siia ehitada kivist Kremli ja kindluse. Vologdasse karjatati tuhandeid käsitöölisi ja talupoegi ning ehitust juhtis inglise insener H. Locke. Plaanis oli Kreml ristkülik. Põhjapoolsel küljel oli see kaitstud Vologda jõega ja mõlemalt poolt kaevati veega vallikraav. Kuid 1571. aastal toimunud Krimmi khaani haarang ja Vologdas alanud katk sundisid Ivan IV Moskvasse naasma. Kuninga lahkumisega ehitus lakkas.
Tõsiste kindlustuste puudumise tõttu kannatas Vologda 1612. aastal suuresti Poola-Leedu armee sissetungi tõttu. Kuid linn ehitati kiiresti ümber ja ületas isegi oma endise suuruse. 17. sajandi lõpuks koosnes Vologda ajalooline keskus neljast osast: City, Verkhniy Posad, Nižni Posad ja Zarechye. Kuid 18. sajandi alguses nõrgenes Vologda majanduslik positsioon mõnevõrra Peterburi asutamise ja Läänemere kaubanduse arengu tõttu.
1708. aastal liideti Vologda Arhangelski oblastiga. Kuid juba 1719. aastal sai linnast Vologda kubermangu keskus ja 1796. aastal - Vologda kubermangu keskus, mis eksisteeris kuni 1929. aastani.
19. sajandil sai linn paljudest intelligentsi liikmetest poliitilise paguluse kohaks. 1918. aastal mängis Vologda 5 kuud Venemaa "diplomaatilise pealinna" rolli. Pärast Bresti rahulepingu sõlmimist kolisid siia ajutiselt 11 suurriigi saatkonnad ja esindused, eelkõige: USA, Suurbritannia, Prantsusmaa, Jaapan, Hiina, Brasiilia jne.
Nüüd on Vologda populaarne turismikeskus, mida külastavad nii venelased kui ka välisturistid.
