Tavapäraselt võib Nepali jõed jagada kolme kategooriasse (sõltuvalt toidu liigist). Esimesed on jõed, mida toidab liustike sulamine. Teised on jõed, mis pärinevad Mahabharati harjalt. Teised on aga erinevad ojad ja jõed, mille allikas on Sivaliku harjal.
Bagmati jõgi
Bagmati läbib Nepali keskosa ja India Bihari osariiki. Jõe allikas on mägedes ja see moodustub mitme nimetu oja ühinemiskohast (umbes 15 kilomeetrit Katmandust).
Bagmati veed on pühad nii hinduismis kui ka budismis. Jõe kallastel on palju hinduistlikke templeid.
Baruni jõgi
Barun läbib Nepali keskosa idapiirkondi ja on Aruni jõe parem lisajõgi.
Jõe allikaks on Makalu mäel asuvad Beruni liustikud. Voolu peamine suund on ida ja kagu. Jõgi on osa Kosi jõesüsteemist, mis hõlmab selliseid suuri jõgesid nagu: Arun; Tamur; Sun-Kosi; Indravati; Dudh Kosi; Bhola Kosi.
Gandaki jõgi
Jõgi voolab läbi Nepali ja India territooriumi. Gandak on üks neljast suurimast Nepali jõest. Jõe allikas on Himaalajas, kahe jõe ühinemiskohas: Muztang Khola; Kyugoma Khola. Ülemjooksul nimetatakse jõge Kali-Gandakiks. Gandaki ühinemiskoht on Gangese jõe vesi. Jõeorg oli India ja Tiibeti ühendav kaubatee.
Gandaki jõe org on huvitav ka seetõttu, et see jagab Suure Himaalaja aheliku kaheks osaks, kulgedes kahe tipu - Annapura ja Daulagiri vahele.
Ghaghra jõgi
Ghaghra läbib kolme osariigi maid - Nepali, Hiina ja India. Voolu kogupikkus on 950 kilomeetrit ja see on sügavaim veevool, mis toidab suurt Gangest.
Jõeallikas asub Tiibeti platoo territooriumil (lõunaosa, Manasarovari järve piirkond). Ghaghra on Nepali suurim ja pikim jõgi. Jõgede toitumise põhitüüp: ülemjooksul on liustike ja sulanud lume vesi; alamjooksu toidetakse doji perioodil. Jõgi on eriti täisvoolav kevadel ja suvel. Sel aastaajal on Ghaghral võimalikud tõsised üleujutused. Jõe vett kasutatakse peamiselt niisutamiseks.
Dudh-Kosi jõgi
Üks Nepali jõgedest, mis on üks kõrgemaid mägijõgesid mitte ainult riigis, vaid kogu maailmas. Jõe allikas on Gokyo järv. Seejärel laskub vool Namche-Bazari trakti, kus Dudh-Kosi veed ühinevad teise jõega-Bhote-Kosi.
Jõgi sobib lihtsalt parvetamiseks, kuid tuleb arvestada, et see tee ei sobi algajatele.
Rapti jõgi
Rapti on jõgi Nepalis ja Indias, kogupikkusega 600 kilomeetrit. Jõe allikas on Sivaliku mägede territooriumil.
